Një dëshmitar i mbrojtur tha në gjyqin e Salih Mustafës në Dhomat e Specializuara të Kosovës në Hagë se ai u mbajt për 17 ditë në një stallë lopësh në fshatin Zllash, rreth 30 kilometra në lindje të kryeqytetit të Kosovës, Prishtinës, gjatë luftës në 1999. Dëshmitari tha se e kishin rrahur deri sa kishte humbur ndjenjat dhe më pas dhunuesit e kanë dërguar në një stallë të lopëve ku e kanë keqtrajtuar për 17 netë me radhe.

Ai tha se e kishin keqtrajtuar me rrymë elektrike dhe se ushtarët e UCK-se i kishin urinuar sipër në dy raste duke i thanë: ja uji. Dëshmitari i mbrojtur i tha gjykatës të se të ndaluarve në Zllash u sillnin ushqim “një herë në dy deri në tre ditë”, të cilin ata e ndanin me njëri-tjetrin. Ai kujtoi sesi të burgosurit kishin vetëm tre batanije dhe ca kashtë për të fjetur. Ata nuk u lejuan të përdorin tualetet në qendrën e paraburgimit.

Mustafa akuzohet për përfshirje në vrasje, tortura, trajtime mizore dhe arrestime arbitrare gjatë luftës së Kosovës në prill 1999 në një kompleks paraburgimi të drejtuar nga UÇK-ja në Zllash, i cili thuhet se drejtohej nga një njësi që ai komandonte.

Ai dyshohet se ka kryer krime kundër të burgosurve të akuzuar nga luftëtarët guerilë si bashkëpunëtorë me serbët armik ose për mos mbështetjen e kauzës së UÇK-së.

Dhomat e Specializuara të Kosovës u krijuan nën presionin e aleatëve perëndimorë të Kosovës, të cilët druheshin se sistemi i drejtësisë i Kosovës nuk ishte aq i fortë sa të gjykonte rastet e UÇK-së dhe të mbronte dëshmitarët nga ndërhyrja.

Salih Mustafa ka vepruar kryesisht në zonën Operative të Llapit, i cili  ka drejtuar njësinë të quajtur BIA, që është i arrestuari i parë i Prokurorise Speciale. Mustafa ishte arrestuar nga regjimi i Sllobodan Millosheviqit, në vitin 1993 dhe është dënuar me 5 vite burgim për organizim të kryengritjes së armatosur.

Në Gusht të vitit 1997, pasi përfundon dënimin me burgim, Mustafa ishte angazhuar për organizimin dhe shtrirjen e UÇK-së në rajonin e Prishtinës, Obiliqit, Gjilanit, Vitisë e Kamenicës.